Фамилия Анаткина — женская форма, её разумно начинать разбирать с суффикса. Суффикс -ин в русской традиции указывает на принадлежность: фамилии так образовывали от основ, заканчивающихся на -а или -я. Анаткин буквально значит «сын Анатки» или «человек из семьи Анатки». Основа — Анатка, уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Анатолий (греческое «анатоле» — восток, восход солнца) или, реже, от Анания (древнееврейское «благодать Божия»). В быту такие сокращения были обычны: Анатолий превращался в Анатку, и фамилия закреплялась за потомками.

Менее популярная, но не исключённая версия — диалектное слово «анатка», которым в некоторых областях называли утку, особенно мелкую или домашнюю. Прозвища по птицам давали людям с характерной походкой, голосом или внешностью (например, «утка» — переваливающийся человек). Академическая ономастика эту гипотезу поддерживает слабо, но для отдельных родов, особенно в регионах с промысловым птицеводством или охотой, она могла быть реальной.

Географически фамилия Анаткина нечастая, но встречается в центральных областях России и в Поволжье. В дореволюционных переписях её носители числились крестьянами или мещанами — фамилия не дворянская, а «простая», сложившаяся в народной среде. Форма Анаткин (а не Анатольев или Ананьев) сохранила именно разговорный, «домашний» вариант имени, что говорит о неформальном происхождении: предка в обиходе звали Анаткой, и это прозвище перешло в официальный документ.

Однокоренные варианты — Анаточкин, Анатольев, Ананьев — все восходят к тому же корню, но через разные суффиксы. Спор между «церковным» и «птичьим» происхождением решается в пользу первого: имя Анатолий было широко распространено в народе, а прозвище от утки — скорее исключение для единичных родов.