Фамилия Алпаткина — женская форма, а мужская, Алпаткин, образована от имени или прозвища Алпатка. В основе лежит крестильное имя Евпатий, известное по древнерусскому сказанию о Евпатии Коловрате. В переводе с греческого это имя означает «чувствительный», но в истории оно закрепилось за рязанским воеводой, который в 1237–1238 годах с отрядом из 1700 человек напал на стан хана Батыя и перебил многих монгольских богатырей.

Путь от церковного Евпатия к фамилии Алпаткина — цепь языковых изменений. Сначала имя сократили до усечённой формы Евпат. Затем начальный гласный «е» преобразовался в «о», а в «акающих» говорах — в «а». Согласный «в» перед «п» со временем перешёл в «л». Так из Евпата получилось сначала Олпат, а потом Алпат. От него с помощью суффикса -к- образовали обиходную форму Алпатка — так в быту могли называть ребёнка или взрослого. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Алпаткин значит «сын Алпатки» или «из семьи Алпатки».

По социальному происхождению основатель рода Алпаткиных, скорее всего, был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Фамилия недворянская, образована по самой массовой модели на -ин, типичной для русских фамилий от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Встречается в центральных и южных регионах России, где были распространены акающие говоры, закрепившие форму Алпат вместо Олпат.