Фамилию Алпатовы нередко записывают на слух, но её происхождение связано не с алпатом (такого слова в русском языке нет), а с личным именем. В основе лежит крестильное имя Евпатий — редкое, но известное на Руси благодаря былинному богатырю Евпатию Коловрату. В бытовой речи длинное имя сокращали: от Евпатий осталось усечённое Евпат, которое в разных говорах звучало как Олпат или Алпат. От этого последнего варианта и образовали фамилию: Алпат + фамильный суффикс -ов, означающий принадлежность.

Сам корень Евпатий восходит к греческому слову со значением «чувствительный», «восприимчивый». Вряд ли родители, называя сына Алпатом, вкладывали в это прямой смысл — имя давали по святцам, а народная форма закреплялась случайно, из-за удобства произношения. Фамилия Алпатов, таким образом, не описывает характер предка, а лишь фиксирует, что его звали Алпат.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Алпатов», то есть сын Алпата. Такие фамилии в XV–XVII веках получали в основном крестьяне и посадские люди, а не знать; дворянские роды чаще оформлялись через -ский. Значит, носители фамилии Алпатовы, скорее всего, происходят из непривилегированных сословий, хотя точных записей о первых Алпатовых не сохранилось — документы по низшим слоям населения велись нерегулярно.

Известный представитель фамилии — Михаил Владимирович Алпатов (1902–1986), историк искусства и автор ярких работ по западноевропейской и русской живописи. Его пример показывает, что фамилия, возникшая в простонародной среде, со временем не помешала её носителю войти в научную элиту.