Фамилия Алпатьева — женская форма фамилии Алпатьев. Её основу составило просторечное имя Алпатий, которое возникло из церковного имени Евпатий. В переводе с греческого Евпатий означает «чувствительный». История превращения одного имени в другое — это цепь языковых изменений. Начальный гласный «е» перешёл в «о», а затем, под влиянием «акающих» говоров, — в «а». Согласный «в» перед «п» со временем превратился в «л». Так из Евпатия родились Олпатий и Алпатий.

Имя Евпатий в русской истории известно по былинному богатырю Евпатию Коловрату. Согласно преданиям, этот рязанский воевода с отрядом в 1700 человек напал на стан хана Батыя после разгрома Рязани в 1237–1238 годах и привёл захватчиков в замешательство, перебив многих монгольских богатырей. Однако, в отличие от героического прообраза, основатель рода Алпатьевых, скорее всего, принадлежал к рабочей или крестьянской среде. Фамилия образована по типичной модели: к основе имени Алпатий добавился притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Алпатьев). Таким образом, потомок человека по имени Алпатий со временем получил фамилию Алпатьев, а женщина из этого рода — Алпатьева.