Фамилия Апаткин, вероятно, происходит от имени Апатка, которое является просторечной формой крестильного имени Ипатий. В переводе с греческого оно означает «высочайший». Таким образом, потомок человека, которого звали Апатка, со временем получил фамилию Апаткин.