Фамилия Алпаутов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием стоит нерусская, тюркская основа, причём довольно редкая. В отличие от массовых татарских фамилий на -ов (типа Баишев или Тенишев), Алпаутов встречается гораздо реже, и это делает её особенно интересной для разбора.

Корень фамилии — «алпаут». В тюркских языках (особенно в татарском, башкирском, казахском) это слово имело два близких значения: «богатырь, витязь» и «военачальник, предводитель». Буквально оно восходит к сложению двух основ: «алп» (богатырь, исполин) и «аут» (древний титул, означавший «вождь» или «старший»). Таким образом, алпаут — это не просто силач, а человек, обладающий властью и воинским авторитетом, своего рода «князь-богатырь». В русских документах XVI–XVII веков это слово фиксировалось как прозвище или сословное обозначение для служилых татар.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Алпаут» добавили притяжательный суффикс -ов, что буквально означает «сын Алпаута» или «принадлежащий Алпауту». То есть предок носителя фамилии, скорее всего, имел прозвище Алпаут — либо за силу и воинскую доблесть, либо по должности. Вполне вероятно, что первые Алпаутовы были выходцами из служилых татар, которые после присоединения Казанского ханства переходили на русскую службу и получали поместья.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью, особенно к территориям бывшей Казанской и Оренбургской губерний. Встречаются Алпаутовы и в казачьих станицах — например, на Урале. Это косвенно подтверждает версию о военном прошлом основателей фамилии: казачья среда часто сохраняла прозвища, связанные с удалью и силой.

В написании фамилии возможен вариант «Алпаутов» без удвоения, что соответствует орфографической норме. Двойное «п» («Алпаутов») — ошибка, так как исходное слово «алпаут» пишется с одной «п». Встречается также ударение на второй слог (АлпАутов), хотя в разговорной речи нередко смещается на третий — это зависит от местной традиции.

Слово «алпаут» родственно более известному «алп» (отсюда, кстати, и имя Алпамыш — эпический герой). Но если Алпамыш — персонаж легенд, то Алпаутов — фамилия вполне реальных людей, чьи предки, вероятно, не просто носили громкое прозвище, но и подтверждали его делом.