Фамилия Албаутов — один из тех редких случаев, когда корень слова почти наверняка тюркский, а суффикс — русский. Если отбросить типичное окончание -ов, указывающее на принадлежность («чей?» — сын Албаута), остаётся основа «Албаут». В русских говорах такого слова нет, зато в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) «албаут» или «алпаут» — это исторический термин, обозначавший зависимого крестьянина, батрака, иногда — служилого человека низшего ранга. В казахском языке «албауты» — это люди, прикреплённые к земле или к хозяину, почти крепостные в степном варианте.

Таким образом, фамилия Албаутов — это отчество от прозвища Албаут. Прозвище могли дать предку по его социальному положению: либо он сам был таким батраком, либо, что встречается реже, владел такими людьми. Второй вариант менее вероятен, потому что прозвища по социальному статусу обычно давали «снизу вверх» редко.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью, Южному Уралу и Оренбуржью — регионам, где веками жили рядом русские и тюркские народы. Встречается она и у русских, и у крещёных татар, и у башкир. В XIX веке носители фамилии фиксировались в Оренбургской губернии, в казачьих станицах, что косвенно подтверждает версию о служилом происхождении: албаутами в некоторых тюркских обществах называли людей, обязанных нести службу за земельный надел.

В русском языке фамилия прошла через обычную адаптацию: тюркское «албаут» получило русский суффикс -ов, и ударение сместилось на последний слог — Албаутов. Вариант Алпаутов тоже существует и является диалектным или орфографическим дублетом (чередование б/п в тюркских заимствованиях — обычное дело). С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: основа — тюркское прозвище, суффикс — русский патронимический. Никакой другой версии, кроме тюркской, у этой фамилии нет — славянских корней у «албаута» не обнаруживается.