Фамилия Алпау — редкая и этимологически неочевидная. Её происхождение, скорее всего, связано с тюркскими языками, и в этом её главная особенность: она не вписывается в стандартные модели русских фамилий на -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на иноязычную основу или позднее оформление.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское личное имя или прозвище Алпау. В тюркских языках корень «алп» означает «богатырь», «герой», «сильный». Суффикс или окончание -ау может быть вариантом оформления (ср. казахские, башкирские, татарские фамилии и имена типа Алпамыс, Алпаров). Таким образом, Алпау могло быть прозвищем, которое давали физически крепкому, мужественному человеку, или же именем-оберегом с пожеланием силы. Встречается и более узкая версия: у некоторых тюркских народов «алпау» — обозначение воина или дружинника, что делает прозвище социально окрашенным.

Фамилия не имеет типичных русских фамильных суффиксов, что говорит о её относительно поздней фиксации в русской среде. Она могла возникнуть у татар, башкир, казахов или других тюркоязычных народов, а затем перейти в русский обиход без изменения формы (так называемые «чистые» фамилии). Географически её стоит искать в Поволжье, Приуралье или Западной Сибири — регионах, где веками шло смешение тюркского и славянского населения.

Другие версии, например, связь с греческим или немецким языками, выглядят надуманными и не находят подтверждения в ономастике. В словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов) Алпау не упоминается, что подтверждает её локальный и нерусский корень. Предки носителя фамилии, скорее всего, были людьми служилыми или воинами, получившими имя-характеристику, которое со временем закрепилось за родом.