Фамилия Алпау редкая и этимологически неочевидная. Её главная особенность — отсутствие типичных русских фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это сразу указывает на иноязычную основу или позднее оформление в русской среде без изменения формы, так называемую «чистую» фамилию.

Происхождение, скорее всего, связано с тюркскими языками. В основе лежит корень «алп», который в тюркских наречиях означает «богатырь», «герой», «сильный». Суффикс или окончание -ау может быть вариантом оформления, например, в казахских, башкирских или татарских именах и фамилиях (ср. Алпамыс, Алпаров). Таким образом, Алпау могло быть прозвищем, которое давали физически крепкому, мужественному человеку, или именем-оберегом с пожеланием силы. Встречается и более узкая версия: у некоторых тюркских народов «алпау» — обозначение воина или дружинника, что делает прозвище социально окрашенным, а предков носителя — людьми служилыми.

Географически фамилию стоит искать в Поволжье, Приуралье или Западной Сибири — регионах, где веками шло смешение тюркского и славянского населения. Другие версии, например, связь с греческим или немецким языками, выглядят надуманными и не находят подтверждения в ономастике. В словарях русских фамилий (Унбегаун, Никонов) Алпау не упоминается, что подтверждает её локальный и нерусский корень.