Фамилия Алпан с первого взгляда не вписывается в привычный ряд русских фамилий на -ов, -ев, -ин или -ский. Её лаконичная форма и отсутствие типичного русского суффикса сразу выдают нерусское, скорее всего тюркское или кавказское, происхождение.

Самая убедительная версия связывает фамилию с тюркским корнем «алп». В тюркских языках это слово означает «богатырь», «герой», «силач» — оно встречается в древних эпосах, например, в имени Алпамыша, героя узбекского дастана. Суффикс -ан в тюркских именах часто усиливает или смягчает значение, поэтому Алпан можно перевести и как «настоящий богатырь», и как «богатырёк». Фамилия, скорее всего, закрепилась за человеком, получившим прозвище Алпан за физическую силу, отвагу или заметный нрав. Модель образования здесь проста: корень без наращивания русского суффикса — это отличает фамилию от подавляющего большинства русских и указывает, что она могла быть русифицирована без добавления типичного окончания.

Вторая версия, менее распространённая, но возможная — топонимическая. На Кавказе и в Закавказье встречаются географические названия с корнем «алп» (например, село Алпан в Азербайджане). В таком случае фамилия могла образоваться от названия места, откуда родом был предок, по типу грузинских или армянских фамилий, где окончание указывает на принадлежность к роду или местности.

Фамилия Алпан встречается преимущественно у народов Северного Кавказа, татар, башкир и азербайджанцев. В русском контексте она — исключение: результат того, что тюркское прозвище закрепилось в документах без переделки на русский лад. Носители такой фамилии, скорее всего, потомки людей, которых в своём сообществе знали как смелых, сильных или заметных личностей.