Фамилия Альпаутов звучит необычно, но её происхождение прозрачно и укладывается в одну из типичных моделей русских фамилий. Основа — тюркское или, точнее, ногайско-татарское слово «алпаут» (встречаются варианты «альпаут», «алпавыт»). В тюркских языках это означало «богатырь», «витязь», «воин» или, в более узком социальном смысле, — представитель служилой знати, приближённый хана. Слово образовано от «алп» (богатырь, герой) с добавлением аффикса, указывающего на обладание качеством.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: к основе «Альпаут» добавили суффикс принадлежности -ов, что буквально значит «сын Альпаута» или «из рода Альпаутов». Такую фамилию мог получить русский служилый человек, татарский мурза или выходец из ордынской знати, перешедший на московскую службу и принявший крещение. Прозвище Альпаут, скорее всего, давали за силу, воинскую доблесть или же оно фиксировало прежний социальный статус предка.

В ономастических словарях эта фамилия упоминается редко, но она не уникальна. Известны её варианты — Алпаутов, Алпаутский, и даже фамилия Алпатов, которая может быть как фонетическим упрощением, так и самостоятельным образованием от греческого имени Алпат. Альпаутов — более точный и архаичный вариант, лучше сохранивший тюркский корень.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью, особенно к территориям бывшего Казанского ханства и Оренбургской губернии, где активно селились служилые татары и башкиры. Встречается она и среди казачества. Носителей фамилии Альпаутов немного, что говорит о её локальном, почти гнездовом бытовании — вероятно, все современные Альпаутовы восходят к одному роду, закрепившему за собой прозвище основателя.

Таким образом, Альпаутов — фамилия-титул, фамилия-характеристика. Она не таит в себе загадки: предок нынешних Альпаутовых был человеком военным, возможно, знатного происхождения, и его прозвище, означавшее «богатырь», закрепилось за потомками как родовое имя.