Фамилия Алпыс — редкий случай в русском ономастиконе. Она почти наверняка не славянского, а тюркского происхождения, и её носители — потомки выходцев из тюркоязычной среды: татар, башкир, казахов, ногайцев или народов Кавказа. Основа фамилии — личное имя Алпыс, которое в тюркских языках имеет составное значение. Первая часть «алп» означает «богатырь», «герой», «силач» (ср. Алпамыш, Алп-Ер-Тонга), вторая «ыс» восходит к глаголу со значением «дуть», «дышать», или же к слову «пар», «испарение». В целом имя можно истолковать как «богатырский дух» или «мощное дыхание» — образ, характерный для тюркской антропонимии, где имя должно было наделять ребёнка силой и жизненной энергией.

Фамилия образована без типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), что указывает на её позднюю фиксацию в документах или на сохранение исходной тюркской формы. В русской среде такие фамилии часто оставались неизменяемыми (как Алпыс, Койчубай, Тлеу), либо получали окончание -ов, превращаясь в Алпысов. Вариант без суффикса встречается реже и говорит о том, что предок, скорее всего, не был крепостным и фамилию записали со слуха, без адаптации.

Географически фамилия Алпыс встречается в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), на Урале и в Западной Сибири — в регионах, где исторически жили тюркские народы. Встречается она и у казахов, но там имя Алпыс чаще выступает как личное, а не фамильное. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти упоминания служилых татар и башкир с таким именем, но как фамилия она закрепилась в основном в XIX веке, когда началась массовая паспортизация нерусского населения.

В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Алпыс — это прямое наследие доисламского тюркского имени с героическим оттенком. Носитель такой фамилии мог быть потомком батыра, воина или просто человека, которому дали имя в честь эпического богатыря. В современном контексте фамилия остаётся редкой и указывает на этническую и культурную связь с тюркским миром.