Фамилия Алупкин — редкий случай, когда географическое название стало основой для фамилии, но не напрямую, а через прозвище. В основе лежит топоним Алупка — известный курортный поселок на южном берегу Крыма. Однако носитель фамилии вряд ли был выходцем оттуда в прямом смысле слова: скорее, прозвище Алупка дали человеку, который побывал в тех краях, торговал с Крымом или имел какую-то заметную связь с этим местом. В русской ономастике такие «географические» прозвища не редкость, но именно крымская привязка выделяет эту фамилию на фоне более привычных «московских» или «тверских» аналогов.

Словообразовательная модель проста и типична для русского Севера и центра. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Алупкин — сын Алупки. То есть сначала возникло личное прозвище Алупка, а от него — фамилия. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Алу́пкин, как и в названии Алу́пка. Вариант с ударением на первый слог (А́лупкин) возможен, но менее органичен для русской речи.

В исторических документах эта фамилия почти не встречается, что объяснимо: она очень редкая. В дореволюционных справочниках и переписях Алупкины не фигурируют как дворянский род, купеческая династия или известные крестьянские семьи. Скорее всего, фамилия возникла в среде мещан или однодворцев южных губерний России, где контакты с Крымом были активнее. Никакой связи с татарским или тюркским корнем здесь нет: это чисто русское образование от славянизированной формы крымского названия.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Алупов, Алупьев — показывает, что все они крайне малочисленны. Алупкин, в отличие от них, сохранил исходный топоним почти без изменений, что делает его прозрачным для этимологии, но не для биографии: сказать наверняка, кем был первый Алупка, невозможно. Можно лишь предположить, что он был человеком бывалым, возможно, торговцем или отставным солдатом, который вернулся из крымских походов и получил прозвище по месту, поразившему его воображение.