Фамилия Алупов — одна из тех редких русских фамилий, которые почти не встречаются в центральных областях России. Её разумнее всего связать с тюркским миром. Основа фамилии — прозвище Алуп, а оно, скорее всего, восходит к тюркскому слову «алоп» или «алуп». В некоторых тюркских языках так называли неуклюжего, неповоротливого или простоватого человека. Суффикс -ов в данном случае работает по типичной русской модели: «чей?» — сын Алупа, потомок человека с таким прозвищем.

География фамилии подсказывает, что возникла она на южных или восточных окраинах Русского государства. Там контакт с тюркским населением был особенно плотным — в Поволжье, на Урале или в казачьих областях. Исходное прозвище могло закрепиться за человеком, который выделялся медлительностью или неловкостью. В крестьянской среде такие прозвища не несли резко отрицательного оттенка, их часто давали по внешним признакам или манере поведения, без злого умысла.

Существует и вторая, менее вероятная версия. Она связывает Алупова с диалектным глаголом «алупить» — бить, колотить, хлестать. В этом случае прозвище мог получить человек с крутым нравом или, наоборот, тот, кого часто наказывали. Эта гипотеза слабее, потому что глагол имеет узкорегиональное хождение, а фамилия Алупов не зафиксирована в областях его бытования.

Фамилия не принадлежала дворянским родам и не попала в бархатные книги. Её носители — скорее всего, крестьяне или однодворцы, переселявшиеся в разные губернии. Поскольку фамилия редкая, в современных справочниках она не встречается массово. Это значит, что её обладатели могут проследить родство по одной линии: скорее всего, все Алуповы — потомки одного человека, получившего прозвище несколько веков назад.