Алупов — редкая фамилия, которая почти не встречается в центральных областях России. Её основа — прозвище Алуп, а он, скорее всего, связан с тюркским словом «алоп» или «алуп» — так в некоторых тюркских языках называли неуклюжего, неповоротливого или простоватого человека. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — сын Алупа, потомок человека с таким прозвищем.

Можно предположить, что фамилия возникла на южных или восточных окраинах Русского государства, где контакт с тюркским населением был особенно плотным — в Поволжье, на Урале или в казачьих областях. Исходное прозвище могло закрепиться за человеком, который выделялся медлительностью или неловкостью, но в крестьянской среде такие прозвища не несли резко отрицательного оттенка, часто давались по внешним признакам или манере поведения.

Вторая, менее вероятная версия связывает Алупова с диалектным глаголом «алупить» — бить, колотить, хлестать. В этом случае прозвище мог получить человек с крутым нравом или, наоборот, тот, кого часто наказывали. Но эта гипотеза слабее, потому что глагол имеет узкорегиональное хождение, а фамилия Алупов не зафиксирована в областях его бытования.

Фамилия не принадлежала дворянским родам и не попала в бархатные книги. Её носители — скорее всего, крестьяне или однодворцы, переселявшиеся в разные губернии. Поскольку фамилия редкая, в современных справочниках не встречается массово, её обладатели могут проследить родство по одной линии: скорее всего, все Алуповы — потомки одного человека, получившего прозвище несколько веков назад.