Фамилия Алынина образована от прозвища Алыня. Самое прямое объяснение этому прозвищу — от татарского слова «алын». В тюркских языках оно многозначно: «лоб», «лицо», «перед», а также «бугор», «выступ горы», «склон» или «верхушка». Скорее всего, прозвище Алыня давали человеку, который жил на возвышенности — на горе или холме. Вполне вероятно и другое: так могли прозвать человека с широким, крупным лбом. Обе версии связаны с внешними признаками или местом жительства, что типично для русских прозвищ, особенно на территориях, где русские и тюркские языки веками соседствовали.

Есть и вторая гипотеза, но она менее убедительна. В русских говорах встречается слово «алынь» — «волна прилива». Если принять эту версию, то прозвище Алыня могло закрепиться за человеком, жившим на берегу моря. Однако эта версия слабее, потому что слово «алынь» — узко диалектное и редкое, а тюркское «алын» распространено шире и даёт более естественное объяснение прозвищу.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Алын- добавлен суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Алынина — буквально «дочь или жена Алыни». Такая форма характерна для женского варианта фамилии, в мужском роде она звучала бы как Алынин. Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных регионах России, где исторически были сильны тюркские влияния.