Фамилия Алынин — одна из тех, где внешняя простота обманчива. Модель на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Алынин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Алыня. Но что скрывается за этим исходным словом — вопрос без однозначного ответа, и в этом главный интерес.

Самая вероятная версия ведёт к каноническому имени Алексей. В русских говорах оно дробилось на множество обиходных форм: Алёха, Лёха, Олёша, а также Алыня. Такое стяжение не редкость: «Алыня» могло возникнуть из «Алёня» (ласкательного от Алёша) через замену «ё» на «ы» под влиянием аканья или местного произношения. В таком случае Алынины — потомки человека, которого в быту звали Алыней, то есть Алексеем. Это типичная «фамилия-отчество», возникшая в XVI–XVII веках, когда за крестьянами и посадскими начали закреплять наследственные прозвания.

Вторая версия выводит основу из прозвища Алыня, связанного с диалектным глаголом «алынить» — лодырничать, бездельничать, шататься без дела. В северных и сибирских говорах так говорили о человеке, который «алынит», то есть проводит время в праздности. Однако прозвища такого типа редко становились основой для фамилий в крестьянской среде, где труд ценился высоко, поэтому версия с именем выглядит убедительнее.

Суффикс -ин указывает на формирование в среде, где преобладала модель отчества на «-ин» (а не на «-ов»). Такие фамилии особенно характерны для севера России, Поволжья и некоторых областей Сибири. Географически Алынины встречаются рассеянно, без ярко выраженного «гнезда» — фамилия не локальная, а образовалась от распространённого личного имени в разных местах независимо.

В дореволюционных переписях Алынины фиксируются в основном как крестьяне и мещане. Сословной элиты среди них не было — фамилия не дворянская, не купеческая. Однокоренные фамилии — Алышев, Алымов — все они, скорее всего, восходят к разным производным от того же Алексея. Разница лишь в суффиксе: -шев, -мов, -нин. Так что Алынины — часть большого «алексеевского» семейства русских фамилий, просто с менее очевидным корнем.