Фамилия Алин — одна из тех, где за кажущейся простотой скрывается несколько совершенно разных историй происхождения. Самая распространённая и обоснованная версия связывает её с арабским именем Али. В этом случае Алин — это отчество, отвечающее на вопрос «чей?»: «сын Али». Имя Али переводится как «высокий», «великий», «возвышенный» или «самый сильный». Для традиционных обществ, где имя давалось с религиозным подтекстом, такая модель образования фамилии абсолютно естественна: она указывала на принадлежность к роду человека, носившего это почитаемое имя.

Существует и другая, менее вероятная версия, которую, однако, часто упоминают. Согласно ей, фамилия Алин образована от краткой формы женского имени Алина — Аля. Имя Алина в славянской традиции прочно ассоциируется со словом «алый», а значит — с образами надежды и счастья, как в «Алых парусах» или «Аленьком цветочке». При этом у имени есть и латинский корень, где оно означает «другая», «чужая», а в Скандинавии его считают формой имени Аделина, то есть «благородная». В этом случае фамилия Алин — это отчество от женского имени, что встречается реже, но тоже возможно: так называли потомка женщины по имени Аля.

Ключевая разница между версиями — в происхождении основы (арабское мужское имя Али против славянского женского Аля) и в грамматике. Фамилии на -ин в русском языке образуются как от мужских, так и от женских основ, но привязка к имени Али (распространённому на Кавказе, в Поволжье и Средней Азии) даёт более логичную и массовую картину распространения фамилии, чем версия с редким кратким женским именем.

Среди известных носительниц фамилии — Алина Маратовна Кабаева, выдающаяся российская гимнастка, заслуженный мастер спорта, победительница Олимпийских игр 2004 года в Афинах и бронзовый призёр Игр 2000 года в Сиднее. Её фамилия, скорее всего, восходит к арабскому имени Али, что характерно для татарской и башкирской среды, из которой родом спортсменка. Таким образом, при встрече с фамилией Алин стоит в первую очередь рассматривать её как «сын Али» — это и исторически точнее, и географически шире.