Фамилия Алинновская — редкий случай, когда с первого взгляда ясна географическая привязка, но почти нечитаема основа. Суффикс -ск- указывает на происхождение от названия местности: такую фамилию получал человек, владевший землёй или живший в населённом пункте с корнем «Алин-». В ономастике это классическая модель для дворянских и шляхетских фамилий, но в России её активно усваивали и священники, и мещане, и крестьяне, переселявшиеся в новые сёла.

Сам корень «Алин» допускает три объяснения. Первое и самое вероятное — от имени Алина. Это не каноническое церковное имя, а народная форма крестильных имён Акилина, Алевтина или даже Александра (через Аля, Алина). Если село или деревня назывались Алиново, Алинка или Алинская, то житель получал прозвище по месту жительства, а затем и фамилию — Алинновский. Второй вариант — от прозвища Алина (женщина, девушка, возможно, нежная или изнеженная), которое давали мужчине по какой-то бытовой черте. Третья версия, более спорная, — связь с тюркским именем Алин (смысл — «передний», «первый»), но для русской фамилии с суффиксом -ск- это маловероятно, если только предки не были из смешанных регионов.

Двойное «н» в написании — не опечатка, а важная деталь. В русской орфографии XIX века такие удвоения часто возникали при стечении корня на «н» и суффикса -ск- (как в фамилиях Смоленский, Архангельский). Но здесь корень «Алин», а не «Алинн», поэтому двойное «н» — либо результат канцелярской ошибки при записи, либо сознательное «удорожание» фамилии: в крестьянской среде считалось, что чем длиннее и сложнее фамилия, тем она «благороднее». Встречаются и варианты Алиновский, Алинский, Алинская, но Алинновская — самая редкая и, вероятно, локальная форма.

По сословной принадлежности точных данных нет, но модель на -ский в сочетании с двойным «н» чаще фиксировалась у духовенства и мелкопоместных дворян западных губерний (Смоленская, Могилёвская, Витебская). Если искать параллели, то фамилия Алинновский могла возникнуть в среде польской шляхты, перешедшей в православие, или у священников, которым давали фамилии по названиям сёл, где находился приход. Например, село Алиново или урочище Алинка — такие топонимы есть в Брянской и Калужской областях, но документально они не привязаны к этой фамилии.

Сегодня фамилия встречается единично — в основном в центральной России и на Украине. Носители, скорее всего, потомки одного рода, разошедшегося по разным городам. Установить точное место происхождения без генеалогического поиска по архивам сложно, но первая перепись, где фамилия могла закрепиться, — это ревизские сказки середины XIX века по западным уездам.