Фамилия Афиновская — редкий пример русской фамилии, созданной по модели притяжательного прилагательного с суффиксом -овск-, но от основы женского рода. В центре спора — что лежит в её основе: название столицы Древней Греции или имя богини мудрости и войны.

Самый прямой путь: от города Афины. Однако тут есть грамматическая сложность. По правилам русского языка суффикс -ов- обычно присоединяется к основам мужского рода (Пётр → Петров, кузнец → Кузнецов), а от женских основ фамилии чаще образуются с помощью -ин- (Мария → Марьин, роза → Розин). Тем не менее, фамилия Розов (а не Розин) существует, и это доказывает, что в XVIII–XIX веках семинарская среда могла игнорировать родовые нормы ради благозвучия или книжной традиции. Афиновская, вероятно, возникла в той же среде: духовные учебные заведения давали воспитанникам «античные» фамилии, чтобы подчеркнуть их образованность и причастность к классической культуре.

Вторая версия — от имени богини Афины, одной из наиболее почитаемых фигур древнегреческого пантеона. В семинарской практике такое тоже встречалось: например, фамилии Гераклов, Аполлонов, Дианин. Если основа — Афина, то суффикс -овск- выполняет роль «принадлежности» (сравните: отчество от женского имени с помощью -овна, а не -евна — редкая, но допустимая модель). Фамилия Афиновская в этом случае означала бы «принадлежащий Афине» или «посвящённый Афине», что вполне в духе церковно-училищной символики.

Точное время и место возникновения рода Афиновских без генеалогических документов не установить. Однако ясно, что фамилия эта — книжная, не крестьянская, а скорее всего дворянская или духовная. Встречается она в основном в центральных губерниях России, где были сильны традиции классического образования. Носители фамилии — потомки людей, чьи предки получили редкую фамилию за успехи в изучении античности или как знак принадлежности к учёному сословию.