Фамилия Амалицкий — редкий случай, когда географическая привязка к конкретному месту оказывается надёжнее, чем догадки о личном имени или прозвище. Её основа — топоним Амалица (или Амалицы), который встречается в польских и белорусских землях. В таком случае суффикс -цк- (в полной форме -ский) указывает на дворянский или шляхетский способ образования фамилий: «из Амалиц» или «владеющий Амалицами». По этой модели построены десятки фамилий вроде Заблоцкий, Островский, Березницкий.

Менее вероятная, но возможная версия связывает Амалицкого с личным именем Амалик — библейским Амаликом, родоначальником кочевого племени амаликитян. Однако в славянской ономастике имя Амалик давали редко, и вряд ли оно породило бы фамилию с типично топонимическим суффиксом -ский. Скорее всего, перед нами не «сын Амалика», а «человек из Амалиц».

Словообразовательная модель проста: корень Амалиц- + суффикс -к- (принадлежность к местности) + окончание -ий. В русской передаче фамилия сохранила польское написание через «ц», а не через «к» (сравните с гипотетическим Амалицкий → Амалицкий). Это указывает на западное, скорее всего польское или западнорусское происхождение рода.

В XIX веке фамилия стала известна благодаря Владимиру Прохоровичу Амалицкому — геологу и палеонтологу, первооткрывателю пермских ящеров на Северной Двине. Его труды принесли фамилии научную известность, но сам род, вероятно, имел скромное шляхетское начало в одном из мелких местечек Речи Посполитой.