Фамилия Амилова — женская форма от Амилов, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов указывает на принадлежность: Амилов буквально значит «сын (или потомок) Амила». Основа здесь — некалендарное личное имя или прозвище Амил. В отличие от множества фамилий на -ов, где корень ясен сразу (Иванов, Кузнецов), здесь основа неочевидна, и это часто приводит к ошибочным сближениям — с латинским «amicus» (друг) или с арабским «аминь». Ни то, ни другое не подтверждается историческими записями: в документах XVI–XVII веков фиксируются именно формы Амил, Амилев, Амилов в контексте служилых людей и крестьян восточных уездов.

Корень «амил-» в русской ономастике чаще всего связывают с тюркским миром. В тюркских языках слово «амил» восходит к арабскому «амиль» — «правитель», «наместник», «сборщик налогов». Однако в бытовой среде прозвище могли дать и по другой причине: в некоторых говорах «амил» означало «деятельный», «хлопотливый человек». Есть и более редкая версия, что это усечённая форма от крестильного имени Амвросий или Емилиан (через народное Амил), но для восточных регионов России тюркское происхождение выглядит убедительнее.

Географически фамилия Амилова встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — в зоне активных контактов русского и тюркского населения. Предки носителей фамилии могли быть либо русскими, взявшими прозвище от тюркского слова (например, за службу в качестве сборщика податей или за бойкий характер), либо обрусевшими татарами и башкирами, у которых имя Амил бытовало как самостоятельное. В любом случае, фамилия — живой след межэтнического обмена, который шёл на окраинах Московского государства веками.