Фамилия Амханова — женская форма, парная к мужской Амханов. Её происхождение напрямую связано с личным именем или прозвищем Амхан. В тюркской среде, особенно у казахов и башкир, имя Амхан чаще всего трактуют как составное: «ага» (старший родственник, дядя по отцу) плюс «хан» (владыка, правитель). Получается значение «старший хан» или «почтенный дядя-правитель». Есть и другая версия: Амхан мог возникнуть как слияние арабского имени Ахмад («достохвальный», одно из имён пророка Мухаммеда) с привычным для тюркских народов титулом «хан». Такая модель — скрестить исламское имя с древним степным титулом — типична для регионов, где местные традиции долго сохранялись даже после принятия ислама.

Суффикс -ов в фамилии Амханов — чисто русская словообразовательная модель. В XIX — начале XX века её активно насаждала русская администрация среди народов Поволжья, Урала и Сибири. Башкирам, татарам и казахам, у которых не было наследственных фамилий, записывали фамилию по отцу: Амханов буквально значило «сын Амхана». Амханова, соответственно, — «дочь или жена Амханова». Это не случайная офамильная приставка, а маркер социального контакта между кочевым или полукочевым населением и имперским учётом.

Географически фамилия привязана к Оренбургской области, Башкортостану и прилегающим территориям. Среди казахов она встречается реже. Имя Амхан не было распространённым и массовым — скорее локальное, родовое. Отсюда и редкость самой фамилии. Судя по региону бытования, предки носителей фамилии занимались скотоводством или земледелием, а сам Амхан, давший начало роду, скорее всего, был уважаемым старейшиной — именно его положение и закрепили в фамилии как знак почтения к основателю семьи.