Фамилия Аммер — редкий для России случай, когда фамилия не переделана на русский лад, а сохранила исходное немецкое звучание. Её основа — немецкое слово Ammer, которое имеет два основных значения: «овсянка» (птица семейства воробьиных) и «корзинщик» (от Ammer — диалектное название корзины). В обоих случаях фамилия образована без суффикса, по так называемой «чистой» модели: прозвище или профессия прямо стали родовым именем.

Чаще всего фамилия встречается у потомков немецких колонистов, переселившихся в Россию в XVIII–XIX веках. В Поволжье, Причерноморье и на Волыни существовали целые колонии, где фамилии вроде Аммер, Фишер, Шмидт передавались без изменений. Версия с птицей (овсянкой) могла закрепиться за человеком, который либо ловил певчих птиц, либо имел яркую внешность или голос, напоминавший эту птицу. Версия с корзинщиком более бытовая: плетение корзин было распространённым ремеслом, и прозвище «Корзинщик» легко становилось фамилией.

В русском языке фамилия Аммер не склоняется, если принадлежит мужчине, и не склоняется, если принадлежит женщине — это общее правило для фамилий, оканчивающихся на согласный и не имеющих типичного русского суффикса. Встречаются редкие варианты написания через одно «м» — Амер, но они могут быть связаны с другой этимологией (например, от арабского имени Амир).

Интересная деталь: в некоторых немецких диалектах Ammer также означало «ведро», что добавляет ещё одну, хотя и менее вероятную, версию происхождения. Сравнение с однокоренными фамилиями (Аммерман, Аммербах) показывает, что корень устойчив и связан именно с немецкой, а не с еврейской или славянской традицией именования. Фамилия остаётся редкой: на всю Россию её носят, по разным оценкам, не более нескольких сотен человек, и почти все они — потомки тех самых колонистов.