Фамилия Аммер — редкий для России случай, когда родовое имя не переделали на русский лад, а сохранили в исходном немецком звучании. В ней нет суффикса, она образована по «чистой» модели: прозвище или название профессии напрямую стало фамилией. Основа — немецкое слово Ammer, у которого два основных значения: «овсянка» (птица семейства воробьиных) и «корзинщик» (от диалектного названия корзины).

Чаще всего Аммер встречается у потомков немецких колонистов, переселившихся в Россию в XVIII–XIX веках. В Поволжье, Причерноморье и на Волыни существовали целые колонии, где фамилии вроде Аммер, Фишер или Шмидт передавались без изменений. Если отталкиваться от птицы, прозвище могли дать человеку, который ловил певчих птиц, либо тому, кто напоминал овсянку голосом или внешностью. Версия с корзинщиком более бытовая: плетение корзин было распространённым ремеслом, и прозвище легко становилось фамилией.

В русском языке фамилия Аммер не склоняется — это общее правило для фамилий на согласный без типичного русского суффикса. Изредка встречается написание через одно «м» — Амер, но оно может восходить к другой этимологии, например к арабскому имени Амир. В некоторых немецких диалектах Ammer означало ещё и «ведро», что добавляет третью, хотя и менее вероятную, версию происхождения.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Аммерман, Аммербах) показывает, что корень устойчив и связан именно с немецкой, а не с еврейской или славянской традицией именования. Фамилия остаётся редкой: на всю Россию её носят, по разным оценкам, не более нескольких сотен человек, и почти все они — потомки тех самых колонистов.