Фамилия Анафиева — одна из тех, где на первый план выходит не корень, а суффикс. Модель образования здесь необычная для русских фамилий: в основе лежит не имя и не прозвище, а название народа — «анафи» или «анафы». Так в этнографии XIX века называли одну из групп абазин (народ, близкий абхазам и адыгам). Вероятнее всего, предок носителя фамилии был выходцем из этой этнической группы, а окружающие закрепили за ним прозвище «Анафий» — то есть «человек из анафов». Суффикс -ев- указывает на принадлежность: «чей?» — Анафиев, то есть сын или потомок того, кого звали Анафием.

Женская форма Анафиева — естественное окончание по русской грамматике, но сама фамилия могла сформироваться на Кавказе или в южнорусских областях, где контакт с горскими народами был плотным. Встречается она редко, и это не случайно: анафы — сравнительно малочисленная группа, и фамилии, производные от их названия, не получили широкого распространения.

Есть и альтернативное объяснение, менее убедительное. В некоторых говорах «анафия» могло быть искажённым вариантом имени «Ананий» (от древнееврейского «ханна» — «благодать»). Но в таком случае фамилия писалась бы через «-ин» (Ананьин) или сохраняла бы форму Ананиев. Форма Анафиев с «ф» чётко указывает на заимствованное слово, а не на церковное имя.

Таким образом, носитель фамилии Анафиева почти наверняка имеет корни, связанные с северокавказским регионом, и его предки принадлежали к абазинскому субэтносу. Фамилия — редкий документ этнической истории, сохранивший в русском оформлении название небольшого народа.