Фамилия Анафиева — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не личное имя или прозвище, а название целого народа. В этнографии XIX века «анафами» (или «анафи») именовали одну из групп абазин — народа, родственного абхазам и адыгам. Вероятнее всего, предка носителя фамилии прозвали Анафием, то есть «человеком из анафов». Суффикс -ев- в этой модели работает как стандартный русский показатель принадлежности: Анафиев — сын или потомок того, кого звали Анафием.

Женская форма Анафиева — естественное грамматическое окончание, а вот сама фамилия, скорее всего, сформировалась в зоне активных контактов с горскими народами — на Кавказе или в южнорусских областях. Встречается она редко, и это объяснимо: анафы были сравнительно малочисленной группой, поэтому и фамилии, производные от их названия, не получили широкого распространения.

Существует альтернативное объяснение, но оно слабее. В некоторых говорах «анафия» могло быть искажением имени Ананий (от древнееврейского «ханна» — «благодать»). Однако если бы фамилия происходила от этого имени, она писалась бы через -ин (Ананьин) или сохраняла форму Ананиев. Твёрдое «ф» в Анафиевой чётко указывает на заимствованное слово, а не на церковное имя.

Таким образом, носитель фамилии Анафиева почти наверняка имеет корни, связанные с северокавказским регионом, а его предки принадлежали к абазинскому субэтносу. Сама фамилия — редкий документ этнической истории, который сохранил в русском оформлении название небольшого народа.