Фамилия Анафиев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, достаточно разобрать суффикс и прислушаться к тому, как звучала речь в тех местах, где фамилия бытует.

Суффикс -ев — верный признак русской модели: так образовывали фамилии от имён или прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный или на -й. Основа здесь — Анафий. Это почти наверняка искажённая, народная форма церковного имени Ананий. В православных святцах имя Ананий восходит к древнееврейскому «Ханания», что значит «Бог милостив». В живой речи имя упрощали: Ананий превращался в Ананю, а затем, под влиянием местных говоров, — в Анафия. Переход звука «н» в «ф» — не редкость для русских диалектов, особенно в условиях аканья и нечёткого произношения. Звуковой сдвиг мог идти через промежуточный вариант вроде «Анамей». Вторая версия, менее убедительная, связывает основу с греческим именем Анаф (от «анатема» — проклятие), но в святцах такое имя не значится.

Географически фамилия Анафиев встречается на юге России и в Поволжье — именно в этих регионах были сильны говоры, допускавшие подобный звуковой переход. Предок носителя фамилии мог зваться Анафием: либо так в народе переделали крестильное имя, либо это было прозвище, данное по сходству с кем-то из односельчан.

Словообразовательная модель проста и типична: суффикс -ев присоединяли к основе, получая притяжательное прилагательное — «чей?» — Анафиев сын. По сословной принадлежности фамилия ничего не говорит: её мог носить и крестьянин, и мещанин, и священник (в духовной среде имя Ананий было в ходу). В дореволюционных метриках Анафиевы попадаются редко, что подтверждает локальный и нечастый характер фамилии.