Фамилия Ананиев образована от канонического мужского крестильного имени Ананий. В переводе с древнееврейского оно означает «отмеченный милостью Божией». Скорее всего, основатель рода Ананиевых принадлежал к высшему сословию, поскольку само имя было популярно среди духовенства и знати.

Словообразовательная модель проста: к основе имени Ананий добавили типичный русский суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Ананиев сын). Это одна из самых распространённых моделей для фамилий, образованных от полных форм крестильных имён. Интересно, что встречается и вариант Ананьев — от разговорной формы Ананья. Оба варианта восходят к одному корню, но Ананиев сохраняет более книжное, церковное звучание.

В ономастических трудах фамилия фиксируется в южнорусских и украинских землях, где окончание -ев часто вытесняло -ов под влиянием местных говоров. Ананиевы могли быть потомками священнослужителей или приказных людей — тех, кто носил имя в его полной, не усечённой форме. В отличие от фамилий на -ин, образованных от имён на -а/-я, Ананиев чётко указывает на мужскую основу, что дополнительно подтверждает её книжное происхождение.