Фамилия Анафин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Основа «Анаф» не встречается среди распространённых русских имён или прозвищ, поэтому объяснение строится на нескольких гипотезах. Наиболее убедительная версия связывает фамилию с прозвищем Анаф, которое могло возникнуть в южнорусских или украинских говорах от слова «анафема» — церковного проклятия, отлучения. В народной речи это слово сократили до «анаф» и давали человеку с резким, несговорчивым характером или тому, кто часто ругался. Суффикс -ин в данном случае типичен для прозвищ на -а: Анаф → Анафин, то есть «чей?» — сын или потомок Анафа. Модель образования простая и прозрачная, что делает эту версию самой правдоподобной.

Вторая гипотеза — греческое влияние. В греческом языке есть имя Анаф (Ανάφη), связанное с островом Анафи в Эгейском море, но для русской фамилии это маловероятно: массового заимствования таких имён на Руси не было, и нет следов греческой диаспоры, которая могла бы принести это имя в крестьянскую или мещанскую среду. Третий вариант — искажённая форма от тюркского имени Анап (в значении «отец» или «предок»), но и здесь нет прямых подтверждений, а переход «п» в «ф» в русских фамилиях нехарактерен.

Географически фамилия Анафин встречается крайне редко, в основном в центральных и южных областях России — это согласуется с диалектным, южнорусским происхождением. Сословной привязки нет: прозвищные фамилии на -ин могли получить и крестьяне, и мещане. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, родоначальник был человеком с ярким, возможно, вздорным нравом — или же прозвище закрепилось за ним иронически, как антифразис, когда прозвали «анафемой» того, кто вёл себя смиренно.