Фамилия Анафин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — «Анаф» — не встречается в списке распространённых русских имён или прозвищ, поэтому для объяснения приходится обращаться к нескольким версиям. Самая вероятная: фамилия образована от прозвища Анаф, которое могло возникнуть в южнорусских или украинских говорах от слова «анафема» — церковного проклятия, отлучения. В народной речи это слово сокращали до «анаф» и могли дать человеку с резким, несговорчивым характером или тому, кто часто ругался. В пользу этой версии говорит и суффикс -ин, типичный для прозвищ на -а: Анаф → Анафин («чей?» — сын или потомок Анафа).

Вторая гипотеза — греческое влияние. В греческом языке есть имя Анаф (Ανάφη), связанное с островом Анафи в Эгейском море, но для русской фамилии это маловероятно: массового заимствования таких имён на Руси не было. Третий вариант — искажённая форма от тюркского имени Анап (в значении «отец» или «предок»), но и здесь нет прямых подтверждений.

Географически фамилия Анафин встречается крайне редко, в основном в центральных и южных областях России, что согласуется с диалектным происхождением. Сословной привязки нет: прозвищные фамилии на -ин могли получить и крестьяне, и мещане. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, родоначальник был человеком с ярким, возможно, вздорным нравом — или же прозвище закрепилось за ним иронически, как антифразис.