Фамилия Анагин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, суффикс и география бытования заставляют искать ответ не в очевидных именах, а в прозвищах или искажённых формах.

Словообразовательно фамилия относится к типичной русской модели на -ин: суффикс указывает на принадлежность («чей?» — Анагин, то есть сын или потомок Анаги). Но вот само имя или прозвище Анага — большая загадка. В древнерусских именниках такого канонического имени нет. Самый вероятный путь — от прозвища, связанного с диалектным словом. В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, «анага» могло означать нечто несуразное, нескладное, либо относиться к человеку с необычной походкой или внешностью. Другая, более конкретная версия — искажённое тюркское имя или прозвище. В тюркских языках есть корень «ана» — мать; «анакай» — ласковое обращение к матери. Русские могли переделать такое прозвище в Анага, а затем и в фамилию Анагин.

Географически фамилия встречается крайне редко, основные следы ведут в Поволжье и Западную Сибирь — регионы активного смешения русского и тюркского населения. Это косвенно подтверждает версию о тюркском следе. Если бы основа была чисто русской, фамилия встречалась бы чаще и равномернее.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает отсечь лишнее. Есть фамилия Ананьин — от имени Ананий (древнееврейское «благодать Божия»). Анагин звучит похоже, но это не вариант Ананьина: суффикс -ин здесь присоединён к основе Анаг-, а не Анан-. Скорее всего, перед нами самостоятельная фамилия, возникшая независимо.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским. Фамилии на -ин в массе своей принадлежали незнатным слоям — они образовывались от прозвищ, а не от календарных имён, и закрепились в среде, где было меньше бюрократического контроля за формой записи. Вероятно, предок носителя фамилии Анагин получил своё прозвище в XVII–XVIII веках, а фамилия оформилась в XIX веке при переписях.

Коротко: Анагин — фамилия-загадка, скорее всего прозвищного происхождения, возможно с тюркским корнем, характерная для регионов русско-тюркского пограничья.