Фамилия Андайкина — женская форма фамилии Андайкин, которая образована по продуктивной модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Андайкин буквально означает «сын Андайки» или «человек из рода Андайки». Основа здесь — прозвище или некалендарное имя Андайка. Такие имена на -айка (Андайка, Миндайка, Бурдайка) типичны для северных и поволжских русских говоров, а также для финно-угорского субстрата, где суффикс -ай-/-ей- придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок.

Корень «анд-» в русских говорах многозначен. В архангельских и вятских диалектах «анда» или «андыль» — это «иначе», «по-другому», «зря». Андайкой могли прозвать человека со странностями, чудака или того, кто всё делал невпопад. Вторая версия связывает основу с тюркским «анда» — «там, вон там», но для русской фамилии это маловероятно: скорее это местное прозвище по манере речи или поведению.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России, особенно в Костромской и Нижегородской губерниях, где фиксировались крестьянские роды с таким именованием. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян Андайкиных из Галичского уезда. Сословно — почти исключительно крестьяне, реже посадские. Дворянских ветвей с такой фамилией нет.

Интересная деталь: в некоторых переписях фамилия писалась через «о» — Ондайкин, что отражает акающее произношение. Это позволяет отличить её от возможных однокоренных фамилий с другим корнем, например, Индайкин (от имени Иннокентий).