Фамилия Анфеногенов — редкий случай, когда церковное имя, пройдя через народное произношение, закрепилось именно в «простонародной» форме, а не в книжной. В основе лежит каноническое имя Анфиноген (от греческого Анфиногенос — «рождённый светом», «светородный»). В живой русской речи имя упростили до Анфеноген: звук «фи» перешёл в «ф», а безударное «и» редуцировалось. Суффикс -ов указывает на прямую патронимическую связь: Анфеногенов буквально значит «сын Анфеногена» или «из рода Анфеногеновых». Словообразовательная модель здесь типичная, но если бы имя Анфиноген не вышло из активного употребления после церковной реформы XVII века, фамилия могла бы быть такой же частой, как, скажем, Михайлов.

Интереснее всего география фамилии и её связь с религиозной средой. Анфеногеновы — яркий маркер старообрядчества, особенно Поморья и Поволжья. У староверов было принято давать детям редкие, «дониконовские» имена, которые в синодальной церкви уже вышли из обихода. Анфиноген — одно из таких имён. Поэтому предки Анфеногеновых с высокой вероятностью были старообрядцами, возможно, из числа крестьян или купцов, державшихся старой веры. Именно эта конфессиональная замкнутость и объясняет редкость фамилии: она не растворилась в общей массе, а осталась локальным признаком определённой традиции.

В дореволюционных документах встречается разнобой в написании: Анфиногенов, Анфеногенов и даже Анфеногеновъ. Церковная среда держалась за «правильное» Анфиногенов, а в светских записях фиксировали, как слышали — через «ф» и без «и». По сословному составу — никакой исключительности: Анфеногеновы были в основном крестьянами и мещанами. Дворянской ветви с гербом не зафиксировано. Но именно эта «простота» и делает фамилию живым свидетельством того, как народ переиначивал сложные греческие имена на свой лад, сохраняя при этом связь с древней христианской традицией.