Фамилия Анфиноденов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а полное каноническое именование человека. Она образована от мужского личного имени Анфиноден, которое представляет собой народную переработку греческого имени Анфиноген. В свою очередь, Анфиноген восходит к греческому «анфинос» — «цветущий» и «генос» — «род», то есть «цветущий родом» или «происходящий от цветущего». В русском просторечии имя быстро утратило греческую огласовку и превратилось в более удобное для произношения Анфиноден.

Фамилия строится по стандартной патронимической модели: к основе имени Анфиноден добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Анфинодена». Таким образом, родоначальника Анфиноденовых звали Анфиноденом. Это имя, хоть и редкое, фиксировалось в святцах, но в быту его чаще заменяли на более привычные производные — Финя, Феня, Деня. Поэтому носитель имени Анфиноден в русской деревне XVII–XVIII веков был человеком заметным: имя выдавало его связь с церковным календарем и, возможно, с духовным сословием.

Именно среди духовенства такие полные, книжные имена встречались чаще всего. Семья Анфиноденовых могла происходить из среды причетников или священников, где детей нарекали по святцам, не адаптируя имя к бытовому просторечию. Впрочем, не исключен и вариант, что Анфиноденом звали крестьянина, получившего имя при крещении в честь малоизвестного святого — такие случаи тоже бывали, хотя значительно реже.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России, где лучше сохранялась книжная традиция именования. В документах XIX века Анфиноденовы встречаются в Вятской, Костромской и Вологодской губерниях. Суффикс -ов указывает на великорусское происхождение, без украинского или белорусского влияния.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна тем, что сохранила имя в его почти полной, нередуцированной форме. Большинство русских фамилий на -ов образованы от кратких или уменьшительных форм (Иванов — от Иван, Петров — от Пётр). Анфиноденов же держится за полное имя, что делает её ономастическим раритетом — своеобразным «портретом» человека, которого в документах всегда записывали строго по святцам, без деревенского сокращения.