Фамилия Анфолофьев — редкий случай, когда написание почти полностью скрывает исходное имя. Если произнести её вслух, слышится «АнфалОфьев», и это ключ к разгадке. В основе лежит неканоническое имя или прозвище Анфал (Анфалой), которое на Руси давали независимо от крестильных имён. Само имя Анфал восходит к греческому «анфалос» — «пупок», но в русской народной среде оно переосмыслилось и стало ассоциироваться с чем-то крепким, коренным, возможно, с «пупом земли» — центром, опорой. Суффикс -ьев (вместо более привычного -ев) указывает на принадлежность: Анфолофьев буквально значит «сын Анфала». Форма Анфолофьев с буквой «о» во втором слоге — результат народной этимологии: безударное «а» в живой речи «окающих» говоров (север, Поволжье) стали писать как слышали, закрепив написание через «о».

Географически фамилия тяготеет к Русскому Северу. Именно там, в новгородских и вятских землях, в XV–XVII веках встречаются упоминания Анфалов. Например, в исторических актах известен Анфал Никитин — вятский боярин XIV века, предводитель ушкуйников. Его потомки могли получить прозвание Анфаловы, а со временем, через диалектные особенности, фамилия превратилась в Анфолофьев.

Словообразовательная модель необычна ещё и тем, что суффикс -ьев после основы на -л встречается реже, чем -ов. Обычно фамилии на -ьев образуются от имён на -ий (Григорий — Григорьев), но здесь механизм иной: к основе Анфал добавили -ов, а затем, под влиянием церковнославянской письменности или просто из-за путаницы в окончаниях, -ов перешёл в -ьев. В результате получилась фамилия, которая звучит архаично и выдаёт в предке человека с нестандартным, нецерковным именем.

Если сравнивать с однокоренными — Анфалов, Анфалёв, Анфилов, — то Анфолофьев стоит особняком. Он как бы «длиннее» на один слог, что могло возникнуть из-за двойной записи: в переписных книгах писарь мог механически добавить лишнюю букву, исказив фамилию до неузнаваемости. Так что носитель фамилии Анфолофьев, скорее всего, потомок северного крестьянина или посадского человека, чьё прозвище закрепилось в документах с ошибкой, ставшей родовым знаком.