Фамилия Анфилофьев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Анфилофьев послужило церковное имя Амфилохий. Анфилофий — просторечная форма редкого греческого имени Амфилохий, которое буквально означает «из Амфилохии (область в Греции)». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Анфилофий, со временем получил фамилию Анфилофьев. О точном месте и времени возникновения фамилии Анфилофьев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Анфилофьев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.