Фамилия Анфилов — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается редкое греческое имя. В основе лежит просторечная форма Анфил от канонического имени Амфилохий. Последнее в переводе с греческого буквально означает «из Амфилохии» — так называлась историческая область в Древней Греции. Имя попало в святцы и бытовало в крестьянской среде, где длинные церковные имена часто укорачивали: так Амфилохий превратился в Анфила.

Фамилию образовали по стандартной для XVI–XIX веков модели: к основе Анфил- добавили суффикс принадлежности -ов. Сын или потомок Анфила становился Анфиловым. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сложилась в центральных и северных губерниях России, где эта модель была основной, в отличие от украинских и белорусских земель, где чаще использовали -енко или -ук.

Сама фамилия встречается нечасто. В дореволюционных справочниках её не фиксируют как дворянскую или купеческую — скорее всего, носители были из крестьян или мещан. В советское время фамилия получила известность благодаря Виктору Александровичу Анфилову (1919–2002), доктору исторических наук, профессору, заслуженному деятелю науки РСФСР, полковнику в отставке и участнику Великой Отечественной войны. Его научные работы по истории Красной армии сделали фамилию узнаваемой в профессиональных кругах.

Если сравнивать Анфилова с однокоренными фамилиями (Амфилов, Амфилохов), то именно форма с утратой «м» и «о» — самая живая и «обрусевшая». Она показывает, как имя, пришедшее из греческого языка через церковные книги, адаптировалось в русской деревне: потеряло два слога, но сохранило узнаваемую основу.