Фамилия Аникштейн — один из самых наглядных примеров того, как в черте оседлости скрещивались языковые традиции. Славянская основа здесь обросла типично ашкеназским суффиксом «-штейн» (от немецкого Stein — «камень»), который в еврейских фамилиях конца XVIII–XIX века присоединяли к самым разным корням, часто без связи с камнем или горным делом.

Основа «Аник-» почти наверняка восходит к русскому или украинскому имени Онисим (в просторечии — Анисим, Аникей). В разговорной речи восточных славян это имя сокращали до Онки, Анки, а далее — до Аник. Греческое Onēsimos означает «полезный», но к фамилии это имеет лишь косвенное отношение: важнее то, что уменьшительная форма Аник в быту закрепилась как самостоятельное прозвище. Если бы фамилия формировалась в чисто славянской среде, она звучала бы как Аников или Аникин. Формант «-штейн» в данном случае выполняет ту же роль, что и славянские суффиксы принадлежности: «сын Аника».

Подобные гибридные фамилии — русское имя плюс немецкий суффикс — встречаются в основном у еврейского населения западных губерний Российской империи: Волынской, Подольской, Киевской, а также в Царстве Польском. Именно там, при введении обязательных фамилий в 1804–1850-х годах, канцеляристы нередко комбинировали местные прозвища с модными немецкими элементами. По данным открытых источников, носители Аникштейн в XIX — начале XX века фиксировались в Киевской и Волынской губерниях, а также в Бессарабии. После эмиграционных волн конца XIX — начала XX века часть семей осела в США, Аргентине и Израиле. В современной России фамилия остаётся малочисленной — не более нескольких десятков носителей, сосредоточенных в основном в крупных городах.

В словарях еврейских фамилий (например, у Александра Бейдера) Аникштейн не относится к числу частых, но её структура прозрачна. Встречаются и однокоренные фамилии — Аникер, Аникман, Аниксон, но Аникштейн отличается именно «каменным» суффиксом, который в славянской среде почти не встречается. Словообразовательная модель здесь нестандартна именно из-за смешения двух языковых традиций: имя собственное обрастало продуктивными суффиксами без привязки к реальному роду занятий или месту жительства.