Фамилия Анкилов образована от канонического мужского имени Анкил, которое пришло на Русь вместе с православием. В святцах это имя встречается редко, и в русском быту оно почти не прижилось, оставив после себя лишь несколько фамильных ответвлений. Основа фамилии — Анкил — восходит к греческому «ankylos», что означает «кривой», «изогнутый». В античности это слово могло быть прозвищем, а в христианской традиции стало именем нескольких ранних мучеников.

Модель образования типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ов указывает на принадлежность «сын Анкила» или «из дома Анкила». В отличие от более распространённых фамилий на -ин, образованных от основ на -а/-я, форма Анкилов говорит о том, что исходное имя в народном произношении звучало как Анкил, а не Анкила. Это важная деталь: она показывает, что имя осмыслялось как мужское и склонялось по твёрдому типу.

Интересно, что фамилия Анкилов встречается в основном в двух регионах: в Поволжье и в некоторых районах центральной России, но нигде не образует плотных гнёзд. Это свидетельствует о том, что носители фамилии не были массовым крестьянским родом, а происходили, скорее всего, из среды служилых людей или духовенства, где редкие календарные имена передавались по наследству чаще, чем в деревне.

В некоторых говорах имя Анкил могли путать с Анкудимом или Анкидином, отсюда возможны варианты написания — Анкилов, Анкилев, а также фамилии Анкидин, Анкудинов. Но Анкилов стоит особняком: его основа не подверглась народной переделке, сохранив близость к греческому первоисточнику. Это редкий случай, когда книжное имя не обросло просторечными формами, а осталось в фамилии почти в исходном виде.