Фамилия Антюганов образована от имени Антюга — просторечной, народной формы крестильного имени Антоний. Имя Антоний имеет римское родовое происхождение; по одной из версий, его возводят к греческому слову «антео» — «вступать в бой, состязаться». С этой версией согласуется и образ святого Антония Великого, скончавшегося, по преданию, в 1147 году: он известен как аскет, духовный борец, основатель отшельнического монашества. Однако в русской традиции имя Антоний, а с ним и уменьшительное Антюга, закрепилось в первую очередь как бытовое, обиходное — без обязательной отсылки к воинственному значению корня. Суффикс -а (Антюга) характерен для разговорных, «домашних» вариантов канонических имён: ср. Вася, Петя, Митя, Федя. Фамилия Антюганов, таким образом, означает «потомок Антюги». Модель на -ов типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на твёрдый согласный: Антюга → Антюганов. Встречается она преимущественно в северных и центральных регионах России, где имя Антоний издавна было распространено в просторечных формах. Стоит заметить, что параллельно бытуют однокоренные фамилии Антюгин, Антюхов, Антонов — все они восходят к тому же источнику, но различаются суффиксальным оформлением. Антюганов — одна из менее частых, но вполне закономерных вариаций, сохранившая в основе именно ту форму имени, которая была в ходу в крестьянской и купеческой среде.