Фамилия Апакушин — редкий случай, когда в основе лежит не имя, а прозвище, причём звучащее на современный слух почти как иностранное. Корень здесь — «апакуш», и это один из тех примеров, где этимологию не вытянуть из словаря имён, а приходится заглядывать в диалекты и старые промыслы.

Самый вероятный источник — севернорусское диалектное слово «апакуша» или «опакуша». В архангельских и вологодских говорах так называли неуклюжего, нерасторопного человека, а иногда — того, кто всё делает не так, «наоборот» (от «опак» — обратно, навыворот). Прозвище Апакуша, таким образом, давалось не в обиду, а как меткая бытовая характеристика: медлительный или чудаковатый мужик. Фамилии на -ин в русской традиции образуются от основ на -а/-я, и Апакушин — классический вариант: «чей?» — «сын Апакуши».

Есть и более конкретная, ремесленная версия. В тех же северных краях «апакушей» могли называть мастера, который делал «опакуши» — деревянные колодки для обуви, грубую обувь или даже лыжи. В таком случае фамилия переходит из разряда прозвищных в профессиональные, указывая на занятие предка. Эта версия правдоподобнее первой, потому что фамилии от ремёсел на Севере встречаются чаще, чем от случайных черт характера.

Географически фамилия Апакушин почти наверняка привязана к бывшим новгородским землям — Архангельской, Вологодской, отчасти Костромской губерниям. В центральных и южных областях России она практически не встречается, что подтверждает её северное происхождение. Суффикс -ин здесь не указывает на принадлежность к роду, а просто оформляет отчество от прозвища — типичная модель для русских фамилий, возникших до XVII века.

Интересно, что фамилия сохранила архаичное «а» в начале, хотя в литературном языке закрепился вариант «опакуша». Это говорит о том, что предки носителя фамилии жили в местности, где «акали» (произносили «а» вместо «о» без ударения), и запись фамилии зафиксировала именно живое произношение, а не книжную норму. Таким образом, Апакушин — не просто фамилия, а маленький диалектологический документ, указывающий и на регион, и на говор предков.