Фамилия Абакушин — одна из тех, где разбор упирается не столько в основу, сколько в суффикс. Основа очевидна: это производное от имени Абакум, народной формы канонического имени Аввакум (в переводе с древнееврейского — «объятие», то есть «крепкая любовь» или «обнимающий»). В русском языке имя Аввакум часто упрощали до Абакум или Обокум, а в документах XV–XVII веков встречаются и Абакуш, и Абакуша — уменьшительные формы этого имени.

Но ключевой вопрос: почему Абакушин, а не Абакумов? Если бы фамилия образовалась по самой массовой модели «сын Абакума», мы бы получили Абакумов. Суффикс -ин указывает на другую основу — на имя или прозвище Абакуша. Именно от этой краткой формы и пошла фамилия: Абакуша + -ин = «чей?» — Абакушин, то есть «сын Абакуши». Такая модель типична для имён, оканчивающихся на -а или -я (сравните: Гаврила — Гаврилин, Фома — Фомин). Выходит, предок носителя фамилии звался не полным именем Абакум, а домашним, обиходным Абакуша.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — Архангельской, Вологодской, Костромской, Нижегородской областям. Это объяснимо: в северных говорах имя Аввакум было особенно распространено благодаря почитанию протопопа Аввакума, лидера старообрядчества. Однако в крестьянской среде имя давали не только в честь религиозного деятеля, а просто как одно из ходовых календарных имён.

Встречается и вариант написания Абакушкин — с тем же корнем, но с другим уменьшительным суффиксом. Абакушин же стоит особняком: он короче, древнее по форме и прямо указывает на то, что в основе лежало не прозвище по занятию, а личное имя родоначальника. Никакой связи с рыбой абакушей или ремеслом здесь нет — чистая антропонимика.