Фамилия Абакшин образована от мусульманского имени Абакша. Это имя восходит к двум основам: мужскому имени Абак, которое переводится с древнетюркского как «старший брат, дядя», а с монгольского — как «изваяние, которому поклоняются, идол», и персидскому компоненту «шах» (или «ша») - «шах, хан, повелитель, владелец, хозяин, правитель». Таким образом, имя Абакша означает «старший брат шаха» или «изваяние шаха». Также не исключено, что фамилия Абакшина образована от имени Абакша, которое является народной формой крестильного мужского личного имени Абакум (официально писалось Аввакум), что в переводе с древнееврейского означает «любовь божия».