Фамилия Абакшин — редкий случай, когда в основе лежит сразу несколько культурных пластов, и разобраться в её происхождении можно только через имя Абакша. Самая вероятная версия ведёт к тюрко-персидскому миру. Имя Абакша складывается из двух частей: тюркского «абак» (в древнетюркском — «старший брат, дядя», а в монгольском — «изваяние, идол, которому поклоняются») и персидского «шах» (повелитель, правитель). Получается, что имя могло означать «старший брат шаха» или, в более архаичном прочтении, «изваяние шаха». Такие составные имена были характерны для знатных или приближённых к власти людей в тюрко-монгольской среде.

При этом у фамилии есть и альтернативное объяснение, которое связывает её с христианской традицией. Имя Абакша могли воспринимать как народную, упрощённую форму канонического имени Абакум (церковнославянское Аввакум). В переводе с древнееврейского это имя означает «любовь Божия». В русской среде, особенно среди крестьян, церковные имена часто искажались до неузнаваемости, и Абакша — один из таких вариантов. Однако эта версия менее убедительна: фамилия на -ин обычно образуется от имён, оканчивающихся на -а, а вот восточное происхождение Абакши объясняет и редкий суффикс, и сам корень.

Словообразовательная модель здесь проста: к основе Абакш- добавился типичный русский притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Абакшин, то есть сын или потомок Абакши). Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде служилых людей и крестьянства, куда могли попадать выходцы из татарских и других восточных родов. Географически фамилия встречается преимущественно в Поволжье и Приуралье — регионах, где веками пересекались славянские и тюркские народы.