Фамилия Абакшин — один из тех случаев, где за привычным русским окончанием скрывается сложный восточный след. Сразу скажем: перед нами не чисто славянская фамилия, а результат многовековых контактов Руси с тюркскими и монгольскими народами.

В основе фамилии лежит имя Абакша, и у него есть как минимум две версии происхождения. Первая, самая распространённая, связывает его с тюркским миром. Имя собирается из двух частей: «Абак» (с древнетюркского — «старший брат», «дядя», а с монгольского — «идол», «изваяние для поклонения») и персидского компонента «шах» (правитель, повелитель). В сумме Абакша можно перевести как «старший брат шаха» или, что менее лестно, «изваяние шаха». Такие имена были типичны для выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев, которые поступали на русскую службу в XV–XVII веках, принимали православие и оседали в дворянских родах.

Вторая версия — чисто русская, но менее убедительная. Она выводит Абакшу из простонародной формы крестильного имени Аввакум (древнееврейское «любовь Божия»). Однако против этой гипотезы говорит то, что фонетический переход от «Аввакум» к «Абакша» нехарактерен для русских говоров, а само имя Абакша встречается в документах как тюркское, а не как искажённое каноническое.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Абакш- добавили суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — «сын Абакши». В окончании -ы (Абакшины) — форма множественного числа, типичная для фамилий, обозначающих целый род или семью.

Исторически фамилия Абакшин могла принадлежать как служилым татарам (дворянам нерусского происхождения), так и крестьянам, получившим прозвище от предка-тюрка. Географически она чаще всего встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где смешение русского и тюркского населения было особенно интенсивным.