Фамилия Абакунин — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована не от полного, а от разговорного имени. В основе лежит имя Абакун — народная форма крестильного имени Аввакум (от древнееврейского «хаваккук» — «обнимающий»). Такое «опрощение» имени — обычное дело в русской среде: звук «в» выпал, а ударение сместилось, получилось простое и звонкое Абакун. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Абакунин — это «сын Абакуна» или, по более старой модели, «человек из семьи Абакуна».

Модель образования с суффиксом -ин — одна из древнейших в русской антропонимии. Она восходит к притяжательным прилагательным, которые отвечали на вопрос «чей?». Поэтому Абакунин, как и Доронин, Фомин, — фамилия, возникшая в крестьянской или посадской среде, где людей называли по имени отца без всяких затей. Дворянские фамилии чаще оформлялись суффиксом -ов/-ев, а вот -ин — это маркер простого происхождения, хотя и не абсолютный.

Интересно, что имя Аввакум в народном календаре было связано с пророком, но в быту его носители не обязательно были набожны. Скорее, имя давали по святцам, а в деревне его переделывали до удобного звучания. Фамилия Абакунин встречается в основном в центральных и северных регионах России — там, где сильна была традиция патронимических фамилий на -ин, а также в старообрядческой среде, где имя Аввакум (в память протопопа Аввакума) почиталось особенно.

Спорных версий у этой фамилии нет: корень очевиден, а альтернативные объяснения (например, от тюркского «аба» — «отец») выглядят натянутыми, так как суффикс -ин жёстко привязан к славянской словообразовательной модели. Так что предки современного Абакунина — скорее всего, крестьяне или ремесленники, носившие простонародное имя Абакун, которое со временем закрепилось за их потомками как фамилия.