Фамилия Абакунин — наглядный пример того, как разговорная форма имени вытеснила полную церковную версию и закрепилась в родовом прозвище. В основе лежит имя Абакун — народный вариант крестильного имени Аввакум. Древнееврейское «хаваккук» означает «обнимающий», но в русском быту слово обкаталось до простого и звонкого Абакун: звук «в» выпал, ударение сместилось, имя стало удобнее для ежедневного произношения.

Суффикс -ин указывает на принадлежность. В древнерусской антропонимии это одна из старейших моделей: притяжательное прилагательное отвечало на вопрос «чей?», так что Абакунин — буквально «сын Абакуна» или «человек из семьи Абакуна». Такие фамилии, как Доронин или Фомин, возникали в крестьянской и посадской среде, где людей называли по отцу без лишних формальностей. Дворянские фамилии чаще оформлялись суффиксом -ов/-ев, поэтому -ин — пусть и не абсолютный, но характерный маркер простого происхождения.

Имя Аввакум в народном календаре привязано к библейскому пророку, но в быту его носителей это не обязывало к особой набожности. Имя давали по святцам, а в деревне перекраивали до удобного звучания. Фамилия Абакунин встречается в основном в центральных и северных регионах России — там, где сильна была традиция патронимических фамилий на -ин. Отдельно стоит упомянуть старообрядческую среду: в ней имя Аввакум почиталось особенно, в память протопопа Аввакума, поэтому фамилия могла закрепиться именно там.

Спорных версий у фамилии практически нет. Корень очевиден, а альтернативные объяснения — например, возведение к тюркскому «аба» («отец») — выглядят натянутыми, потому что суффикс -ин жёстко привязан к славянской словообразовательной модели. Так что предки современного Абакунина — скорее всего, крестьяне или ремесленники, носившие простонародное имя Абакун, которое со временем и стало их родовой фамилией.