Фамилия Апалунин — редкая и неочевидная по происхождению. Чтобы понять её корень, нужно отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Апалунин, то есть сын или потомок Апалуна. Основа — Апалун — не встречается в современных русских именах, и это первый ключ к разгадке.

Скорее всего, Апалун — это не каноническое имя, а прозвище или переосмысленное крестильное имя. Здесь возможны две основные версии. Первая: искажённое Аполлон. Имя Аполлон в просторечии могло редуцироваться: Аполлон → Апалон → Апалун. Такое стяжение (замена «о» на «а» и «л» на «лу») типично для народной этимологии: непривычное греческое имя подгоняли под привычный звуковой ряд. Вторая версия: связь с диалектным словом «опалуй» — так в некоторых говорах называли неповоротливого, неуклюжего человека. Переход «о» в «а» (аканье) даёт «апалуй», а суффикс -ун (как в «говорун», «бегун») превращает его в прозвище Апалун — «неуклюжий, медлительный». Эта версия правдоподобнее, потому что прозвища с суффиксом -ун были активной моделью в русской ономастике, а имя Аполлон в крестьянской среде встречалось редко.

Географически фамилия Апалунин тяготеет к центральным и северным областям России, где аканье было нормой. В документах XIX века носители фамилии встречаются в Вятской и Пермской губерниях — регионах, где старообрядцы и государственные крестьяне часто сохраняли архаичные прозвищные формы. Сословно это были, скорее всего, крестьяне или мещане: фамилия не имеет дворянского суффикса (-ский) и не выглядит искусственной семинарской.

Таким образом, Апалунин — фамилия-прозвище, образованная от характеристики человека. Предок носителя мог получить её за медлительность или неуклюжесть, либо, что менее вероятно, его звали Аполлоном, но имя переделали на деревенский лад.