Фамилия Апананский — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней сразу обращает на себя внимание суффикс -ский, который в русской ономастике чаще всего указывает на географическую основу: такую фамилию мог получить человек по названию местности, откуда он родом или где владел землёй. Это типично для дворянских и шляхетских фамилий, а также для фамилий духовенства, которые нередко образовывали от названий сёл и приходов.

Корень «Апанан-» в русском языке не имеет прямого и очевидного значения. Скорее всего, он восходит к топониму — названию населённого пункта. На карте России и сопредельных территорий встречаются похожие названия, например, Апанасово или Апанасенки, которые связаны с тюркским именем Апанас (вариант имени Афанасий в южнорусских и украинских говорах). Однако форма «Апананский» заставляет предположить, что исходное название звучало как Апананы или Апанань. Такие топонимы могли возникнуть в западных регионах, в зоне польско-литовского влияния, где суффикс -ан- не редкость.

Возможна и вторая версия: фамилия могла быть семинарской. В духовных училищах и семинариях будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от названий церковных праздников, имён святых или латинизированных форм. Апананский могло быть искусственным образованием от греческого «апанао» (απαναω) — «утомлять, изнурять», что маловероятно для фамилии, либо от имени святого, например, Апанасий, но в таком случае ожидалась бы форма Апанасьевский. Поэтому географическое происхождение выглядит убедительнее.

Если опираться на реалии, носители фамилии Апананский — это, скорее всего, потомки выходцев из небольшого села или хутора с похожим названием. В силу редкости фамилии её обладатели, вероятно, сосредоточены в определённом регионе, но точная география без специальных данных неясна. Сословно фамилия могла принадлежать как духовенству, так и мелкопоместной шляхте, если исходный топоним находился на территории бывшей Речи Посполитой.