Фамилия Апанайкин — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а искажённое иноземное слово, прошедшее через народную переделку. Её ядро — «апанай» — скорее всего, восходит к тюркскому «апанай» или «абанай», что в ряде диалектов означало «отец», «батюшка» или почтительное обращение к старшему мужчине. В русской среде такое прозвище могли дать выходцу из татарской, башкирской или казахской среды, либо человеку, который постоянно употреблял это слово в речи. Собственно, именно так и появлялись фамилии на -ай: от междометий, обращений и кличек, закрепившихся за первым носителем.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Апанайкин — буквально «сын Апаная» или «человек из рода Апаная». Это типичная русская патронимическая модель, но с редким сочетанием: основа на -ай плюс суффикс -ин (в форме -кин из-за конечного -й). Сравните с фамилиями Мамайкин, Кудайкин — они построены по тому же принципу. В словарях Б. Унбегауна подобные модели отмечены как более поздние, часто крестьянские, возникшие в XV–XVII веках на восточных окраинах России.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью. В переписях XIX века Апанайкины встречаются в основном в Казанской, Симбирской и Оренбургской губерниях — как раз в зоне активного русско-тюркского контакта. Это косвенно подтверждает версию о прозвище, данном татарину или башкиру, перешедшему на русскую службу или в крестьянство. Второй, менее вероятный вариант: основа могла быть искажением крестильного имени Афанасий (через формы Апанас → Апанай), но тогда фамилия звучала бы как Апанаськин или Афанаськин. Вариант с -айкин говорит в пользу тюркского заимствования.

Таким образом, Апанайкин — не просто фамилия, а маркер этнического и социального пограничья. Её носители, скорее всего, потомки тех, кто в XVI–XVII веках влился в русское население из тюркской среды, сохранив в фамилии память о почтительном обращении к старшему. Фамилия не получила широкого распространения, осталась локальной — и в этом её ценность для тех, кто ищет свои корни.