По одной из версий, фамилия Апанин образована от имени Апаня, которое является уменьшительным вариантом имени Афанасий. Оно ведет свое начало от греческого atanasia - «бессмертие». Само же имя Апаня появилось через ряд переходных форм: Афанасий — Апанасий — Апанас — Апаня. В православном именнике это имя появилось в память об Афанасии Александрийском. Согласно другой гипотезе, Апаня — это форма тюркского имени Апанай. Оно, в свою очередь, было образовано путем присоединения к корню аба/апа («старший брат») уменьшительно-ласкательного аффикса -най. Таким образом, потомок человека, которого звали Апаня, со временем получил фамилию Апанин.