Фамилия Апаненко — яркий пример восточнославянской модели фамилий на -енко. Этот суффикс, особенно распространённый на Украине и в южных регионах России, первоначально означал «маленький», «сын такого-то». То есть Апаненко — это буквально «сын Апана» или «маленький Апан». Такой способ образования фамилий был типичен для казацкой среды и крестьянства в XVI–XVIII веках.

Основа фамилии — Апан — это краткая, народная форма крестильного имени Афанасий. В православных святцах имя Афанасий означает «бессмертный» (от греческого «афанатос»). В бытовой речи имя часто сокращалось и видоизменялось: Афанасий превращался в Апан, Апанас, Панас. Отсюда и пошли фамилии Апаненко, Апанасенко, Панасенко, Панасюк. Таким образом, Апаненко стоит в одном ряду с десятками других «афанасьевских» фамилий, но отличается именно формой на -енко, указывающей на украинские или южнорусские корни.

Географически фамилия Апаненко тяготеет к Левобережной Украине и югу России. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном бытовании. Вероятнее всего, предки носителей этой фамилии были выходцами из Полтавской, Черниговской или Харьковской губерний — регионов, где фамилии на -енко формировали основной массив родовых имён. Социальный состав таких фамилий — преимущественно казаки и государственные крестьяне.

В написании фамилии иногда встречается вариант «Апане́нко» с ударением на «е», что характерно для северных говоров, но исконным считается ударение на последний слог — Апаненко́, как и у большинства фамилий на -енко. Встречаются также единичные случаи перехода фамилии в форму «Опаненко» под влиянием акающих говоров, но это скорее исключение.

Таким образом, Апаненко — это не загадочная и не редкая по происхождению фамилия. Она чётко вписывается в типовую модель и говорит о том, что основатель рода носил имя Афанасий, а сам род сформировался в среде украинского или южнорусского крестьянства не позднее XVII–XVIII веков.