Фамилия Апиндеев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет очевидного суффикса -ов/-ев в чистом виде, а основа не даёт готового ответа. Однако, если разобрать словообразовательную цепочку, становится ясно, что это типичная русская фамилия, образованная от прозвища или имени.

Ключ к разгадке — суффикс -еев. В русских фамилиях он часто появляется в результате фонетических изменений: исходная форма на -ей (например, прозвище Апиндей) даёт притяжательное прилагательное с суффиксом -ев. То есть Апиндеев — это буквально «сын Апиндея». Основа «Апинд-» или «Апиндей» — вот что требует объяснения.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «апиндей» или «апинда» — в ряде южнорусских и украинских говоров так могли называть упрямого, своенравного или нерасторопного человека. Слово тёмное, возможно, тюркского или финно-угорского происхождения, но в русской среде оно бытовало именно как прозвище. В пользу этой версии говорит то, что фамилия встречается в основном в южных регионах России — в Ростовской области, Краснодарском крае, на Дону.

Вторая, менее вероятная гипотеза — что в основе лежит личное имя Апинд (Апиндей) — редкая форма канонического имени Ипатий или Ипполит, переработанная в народной речи. Но следов такого имени в святцах или метрических книгах почти нет, поэтому прозвищное происхождение надёжнее.

География бытования фамилии узкая: основное ядро — казачьи области. Скорее всего, предки Апиндеевых были донскими или кубанскими казаками. Фамилия недворянская, крестьянско-казачья, что подтверждается отсутствием в родословных книгах. Написание устойчивое: с двумя «е» в конце, хотя в старых документах можно встретить вариант «Апиндев» — это результат упрощения на письме.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая аналогия — фамилия Апин, которая тоже редкая и, вероятно, восходит к тому же корню. Но Апиндеев стоит особняком: суффикс -еев указывает на полную форму прозвища, а не на сокращённую.