Фамилия Апин образована от тюркского слова «апа» — в казахском языке это «мать», в татарском «сестра, тётя». Скорее всего, так могли назвать ребёнка, который рос без отца — мать или старшая родственница воспитывала его одна, и это обстоятельство закрепилось в прозвище, а затем и в фамилии.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе «ап(а)» добавили русский суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?»). Такие фамилии типичны для народов Поволжья и Приуралья, где тюркские корни сочетались с русской патронимической формой. В этом смысле Апин — не исключение: похожим образом возникли фамилии Апаев, Апанов, Апачев.

Есть и другая версия: основа «ап» может быть краткой формой крестильного имени Апполинарий (от греческого «посвящённый Аполлону») или его производного Апа. Но в таком случае фамилия звучала бы иначе — Апполонов или Аполлинский. Тюркское происхождение выглядит правдоподобнее, особенно с учётом географии бытования фамилии: большинство Апиных встречается в Татарстане, Башкортостане и соседних областях.

Если исходить из прозвища, предок носителя фамилии был человеком, которого окружающие знали как «матушкиного сына» или «того, кого вырастила тётка». В крестьянской среде такие прозвища давали без насмешки — просто по обстоятельствам жизни. Со временем прозвище закрепилось за детьми и внуками, а затем — за всем родом.

Фамилия редкая, в дореволюционных списках почти не встречается. В советское время её носители фиксируются в метриках и похозяйственных книгах, но широкой известности не получили. Это не мешает ей быть точным маркером семейной истории: если вы Апин, велика вероятность, что ваши предки жили в тюркоязычной среде, а фамилия досталась вам от женщины, которая одна поднимала детей.