Фамилия Апиненкова — женская форма мужской фамилии Апиненков, образованная по стандартной русской модели: к основе на -ов добавляется окончание -а. Сама мужская фамилия Апиненков — редкий случай в русской ономастике. В её основе лежит суффикс -енк-, который чаще встречается в украинских фамилиях (Коваленко, Шевченко) и указывает на происхождение от отца или предка. В русской традиции такой суффикс мог закрепиться под влиянием южных говоров или как вариант фамилии, записанной на стыке культур.

Корень фамилии — Апин- — вызывает больше всего вопросов. Самое вероятное объяснение: это форма личного имени Апа (Апий) или его производного. В старину бытовало каноническое имя Аппий (от латинского Appius — древнеримское родовое имя), которое в просторечии могло сократиться до Апа или Апя. От него через притяжательное прилагательное «Апинин» (сын Апи) и далее через суффикс -енк- возникла фамилия. Менее правдоподобная версия связывает основу с диалектным словом «апа» — в некоторых говорах так называли отца или старшего родственника, но для фамилии это дало бы скорее форму Апин или Апинков.

Географически фамилия Апиненков тяготеет к южным областям России — Курской, Белгородской, Воронежской, где смешение русских и украинских говоров было особенно сильным. Именно там суффикс -енк- мог органично войти в русскую фамилию, а не остаться украинским вариантом. Встречается фамилия и в центральных регионах, но редко.

Таким образом, предок носителей фамилии Апиненков мог быть сыном человека по имени Апа (Апий) или внуком, на что указывает двойной суффикс. Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская: в среде простых людей такие «цепочки» суффиксов (корень + -ин + -енк + -ов) фиксировали не только отчество, но и более дальнее родство.