Фамилия Апинова — женская форма фамилии Апинов. В русской антропонимии фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. Мужской вариант, Апинов, указывает на то, что в основе лежит слово или имя с конечным -а. Чаще всего это прозвище или нецерковное имя Апа, которое встречается в русских говорах в разных значениях. В тверских и псковских диалектах «апа» — это отец, батюшка, иногда дед. В других областях так могли называть старшего, уважаемого человека или просто главу семьи. Таким образом, Апинов — буквально «сын Апы» или «потомок Апы».

Вторая версия отталкивается от тюркских языков, где «апа» означает «старшая сестра» или «тетя». Фамилия могла возникнуть у народов Поволжья или Северного Кавказа, где тюркские заимствования входили в русскую ономастику. В таком случае Апинов — это «принадлежащий Апе», то есть человек из рода женщины с таким именем или прозвищем. Однако для фамилий на -ин в русской среде тюркская основа менее типична, хотя и возможна в районах смешанного проживания.

Суффикс -ов в фамилии Апинов (а не -ин) мог бы указывать на основу, оканчивающуюся на согласный, но здесь мы видим именно -ин, что закрепляет форму с конечным -а. В исторических документах фамилия почти не встречается, что говорит о её редкости и, вероятно, локальном бытовании. Встретить Апиновых можно скорее в центральных и северо-западных регионах России, где диалектное слово «апа» было в ходу, или в районах с тюркским влиянием.

Особенность фамилии — её краткость и прозрачная, но неоднозначная этимология. В отличие от распространённых Иванов или Петров, Апинов не отсылает к календарному имени, а хранит бытовое или родственное прозвище. Это делает фамилию ценной для тех, кто ищет нестандартные корни: предки могли быть либо уважаемыми старшими в общине, либо носителями тюркского имени, что указывает на этническое смешение.